Η Σπηλιά του Μελιδονίου βρίσκεται περίπου 1.800 μέτρα βορειοδυτικά του χωριού και παρουσιάζει ενδιαφέρον εξαιτίας των αρχαιολογικών της ευρημάτων, μερικά από τα οποία εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Ρεθύμνου.

​

   Το σπήλαιο Μελιδονίου ονομάζεται και αλλιώς "Γεροντόσπηλιος". Υπήρξε ένα από τα σπουδαιότερα λατρευτικά σπήλαια , μια και στην Μινωική εποχή λατρευόταν στο σπήλαιο ο Χάλκινος γίγαντας της Κρήτης ο Τάλως, που είχε αναλάβει , σύμφωνα πάντα με τη μυθολογία, την ασφάλεια και την προστασία του νησιού απο εχθρούς.

​

   Έχει πολύ μεγάλη σημασία από αρχαιολογικής μεριάς αλλά και ιστορικής , μια και το σπήλαιο Μελιδονίου , ήταν καταφύγιο για 370 γυναικόπαιδα και 30 πολεμιστές , για να αποφύγουν τον τούρκικο ζυγό κατά τον Οκτώβριο του 1823. Ιστορικά γεγονότα αναφέρουν ότι ο Χουσείν Μπέις όταν πληροφορήθηκε για τη κρυψώνα αυτή , κύκλωσε το σπήλαιο, με το στρατό του , και ζήτησε στους κρητικούς να παραδοθούν.

​

   Αυτοί αρνήθηκαν φυσικά , γιατί γνώριζαν πολύ καλά τι τους περίμενε. Έτσι οι Τούρκοι μετά από μία τρίμηνη πολιορκία έριξαν εύφλεκτες ύλες από το άνοιγμα της κορυφής του σπηλαίου και έβαλαν φωτιά. Γυναικόπαιδα και πολεμιστές , άφησαν την τελευταία τους πνοή στο υγρό αυτό σπήλαιο Γενάρης του 1824. Στη κεντρική αίθουσα του σπηλαίου έχει τοποθετηθεί οστεοφυλάκιο , με τα κόκαλα των ηρώων, που σφραγίζει το δράμα του σπηλαίου του Μελιδονίου.

​

   Η αψιδωτή είσοδος του σπηλαίου , μας υποδέχεται ενώ μας οδηγεί στην πρώτη αίθουσα του φαντασμαγορικού σπηλαίου που ονομάζεται "Αίθουσα ηρώων" όπου υπάρχει , όπως αναφέραμε και πιο πριν το "Μνημείoν". Ένα συγκρότημα από σταλαγμίτες αρχίζει και ξετυλίγεται σαν κουβάρι από μπροστά μας ενώ οδεύουμε προς το "Σταυροδρόμι" μπαίνοντας στο δεξιό θάλαμο . Φτάνοντας στη τεράστια αίθουσα "Πάσλεϋ" οι σταλαγμίτες και οι σταλακτίτες , δημιουργούν θαυμάσιο σύμπλεγμα και προσφέρουν ένα ονειρικό θέαμα στον επισκέπτη.

​

   Καθώς προχωράμε , ογκώδεις βράχοι δίνουν το συναίσθημα ότι βρισκόμαστε σε μια άλλη γη και χωρίς να το καταλάβουμε , έχουμε φτάσει στην αίθουσα "Των βράχων" όπου μέσα από ένα στενό διάδρομο θα οδηγηθούμε στο "Θάλαμο της Καταβόθρας" και μετά από αυτό το οδοιπορικό καταφθάνουμε στο τέλος της δεξιάς λωρίδας που ονομάζεται "Το Υπερώον".

​

   Οδοιπορώντας το σπήλαιο και καταφθάνοντας ξανά στο "Σταυροδρόμι" διαλέγουμε να περπατήσουμε και στο αριστερό μέρος του σπηλαίου που αποτελείτε από ένα και μοναδικό θάλαμο "Τον Θάλαμο των Παραπετασμάτων" όπου ο μεγαλοπρεπής στολισμός από πτυχώσεις , σταλαγμιτικό και σταλακτιτικό υλικό είναι πολύ πλούσιο και εντυπωσιακό. Μια σας επίσκεψη θα σας πείσει για όλα αυτά που είδαν τα δικά μας μάτια και που είχαμε την ευκαιρία να θαυμάσουμε από κοντά.